I Gesuiti, introdotti in Castiglione agli inizi del ‘600 per volere di Francesco Gonzaga (fratello di san Luigi e all’epoca reggente della città) in ricordo dell’amato fratello, si impegnarono nella edificazione di un tempio aderente ai dettami architettonici e decorativi della Compagnia: aula unica, cappelle laterali (tre per ciascun lato), severa sobrietà degli esterni cui si contrappone la ricca esuberanza decorativa degli interni, in relazione ai moduli stilistici espressi a Roma nelle chiese madri della Compagnia dei Gesuiti (Le chiese del Gesù e di S.Ignazio). La Basilica, una delle più significative fra le numerose costruite dai gesuiti in Lombardia, venne eretta negli anni 1608-1625; soltanto nel corso del’700, in seguito alla canonizzazione di Luigi Gonzaga (1727) che determinò un nuovo periodo di prestigio per i Gesuiti e un conseguente nuovo fervore costruttivo, si potè porre mano al completamento ed all’ampliamento, su progetto del noto architetto camaldolese Pietro Soratini da Lonato: fu allora che la chiesa si arricchì dell’altare maggiore nelle splendide forme attuali, che furono ricostruiti il presbiterio e la cupola ellittica e che venne realizzata la maggior parte delle decorazioni.

L’imponente facciata è a due ordini sovrapposti, ripartiti verticalmente da paraste e raccordati da leggiadre volute laterali curvilinee. Un elegante protiro settecentesco precede l’ingresso principale. L’interno, più dichiaratamente barocco nell’articolazione degli spazi, rispecchia tuttavia il modulo post-tridentino della chiesa dove l’attenzione dei fedeli deve concentrarsi sull’altare maggiore. La spartizione delle superfici verticali è affidata a serie di lesene con capitello ionico nella navata e a colonne classicheggianti con capitello composito nell’abside, sorreggenti una pronunciata trabeazione che correndo lungo tutta la chiesa sottolinea lo spazio avvolgente.

Il restringimento del presbiterio, sormontato dalla virtuosa cupola ellittica e raccordato alla navata dall'arco trionfale, crea un effetto di convergenza verso l'altare maggiore, dalle monumentali linee, su cui campeggia, entro una scenografica incorniciatura, la pala con " San Luigi in preghiera davanti alla Madonna " realizzata nel 1734 da Antonio Balestra, ritenuta il più alto esito fra le numerose opere lasciate dall'artista nella Lombardia. Due i motivi iconografici principali presenti nella chiesa:uno, obbligato, concernente episodi della vita di san Luigi (gli affreschi sia sulla calotta che i pennacchi della cupola entrambi riferibili al '700 lombardo, l'affresco sulla volta a botte della navata rappresentante " San Luigi che insegna il catechismo ai giovani di Roma " eseguito dal Martinenghi nel 1891 e l'affresco, il più importante artisticamente parlando, sulla volta dell'arco trionfale rappresentante " L'apoteosi di san Luigi " eseguito nel 1741 da Giorgio Anselmi, il più fecondo e brillante degli allievi del Balestra, secondo i moduli della decorazione tardo barocca); l'altro, concernente episodi della vita di Maria, collegata alla devozione mariana che, fortemente sentita da san Luigi, fu sempre praticata dai Gesuiti. Una considerazione a parte merita la terza cappella a destra, dedicata alla Addolorata, per la bellissima pala della Pietà qui presente, dalle tonalità cupe e forti a sottolineare il dolore della Madre straziata per la perdita del figlio, attribuita al celebre pittore di Cento, il Guercino. Completano l'arredo interno un'elegante bussola, sei confessionali e due pulpiti del'600 e le due cantorie del presbiterio una delle quali, quella di destra, accoglie l'organo, datato 1794 e firmato G.Bonatti, realizzato in legno intarsiato con disegni ad imitazione di motivi rinascimentali.